Depuis 2016, l’intercommunalité est impliquée dans la coopération transfrontalière via le programme Interreg France-Wallonie-Vlaanderen. Le long de la frontière franco-belge, les partenaires se mobilisent dans plusieurs domaines : environnement, mobilité, tourisme, aménagement du territoire, etc. afin d'offrir aux citoyens un cadre de vie de qualité et durable.
Le programme INTERREG France-Wallonie-Vlaanderen offre de nombreuses opportunités de coopération à travers la frontière, avec le soutien du Fonds Européen de Développement Régional.
Pour la période 2014-2020, la CCFI (maintenant Cœur de Flandre agglo) a été chef de file du projet Interreg QUALICANES et partenaire des projets TEC!, Partons 2.0, Lyse, Transmobil, Eurocyclo et Ruralité.
Pour la période 2021-2027, Cœur de Flandre agglo sera partenaire des projets Clim@Villes, Clim@Monts, Clim@Touvert et Clim@YserAa.
